智学園の教室（授業）と自習室（個別指導）には密接な関係があります。授業は分かりやすく、できるだけ多くの生徒に理解させることが大前提です。だからといって授業のレベルを落としてまで、それを達成することはありません。ベテランの講師ほど、授業ではあえて100％の理解を求めないものです。なぜならすべてが分かってしまうと、子どもたちが疑問を持ち、自ら考え、練習によって会得していく大事な過程（自習）が失われてしまうからです。

子どもたちを待ち受ける自習室には「ともがくメンター」が待機しています。ともがくメンターとは、智学園で学び巣立っていった、智学園の指導は熟知している卒業生を中心としたスタディケアチームです。メンターは教室に入ると、まず欠席者補講や理解不足者補講、再テスト受験者などのその日の予定と、指導内容、指導方法、到達度などの指導関連事項の申し送りが専任講師よりなされ、智学園が長年にわたり改良に改良を重ねた指導書が渡されます。メンターはその指導書に沿って教えるため、授業とほぼ同じクオリティの補講をおこなうことができます。また、自習室には自習、質問に来る生徒がたくさんいます。それらの生徒の質問受け、アドバイスなども彼らの大事な仕事です。自習室には専任講師が絶えず出入りし、その状況を管理監督しています。